Phil Fontaine est né sur le territoire de la Première Nation Sagkeeng (anciennement connue sous le nom de Première Nation de Fort Alexander) au Manitoba, à 150 kilomètres au nord de Winnipeg. Sa langue maternelle est l’ojibwé.

Il a passé sa jeunesse dans un pensionnat autochtone administré par les Oblats de Marie-Immaculée, à Sagkeeng. Il a ensuite étudié au pensionnat d’Assiniboia, à Winnipeg, et obtenu son diplôme d’études secondaires au Collège Powerview, en 1961.

En 1973, Phil Fontaine est élu chef de la Première Nation Sagkeeng pour deux mandats consécutifs.  À la fin de son mandat, il s’installe au Yukon avec sa famille, où il occupe le poste de directeur général de la région pour le gouvernement fédéral.

En 1981, il obtient de l’Université du Manitoba un baccalauréat ès arts en science politique. Après l’obtention de ce diplôme, il travaille pour le Conseil de développement des ressources du Sud-Est comme conseiller spécial; il est ensuite élu au poste de chef régional du Manitoba auprès de l’Assemblée des Premières Nations. M. Fontaine fut l’un des dirigeants des Premières Nations du Manitoba qui ont joué un rôle important dans la défaite de l’Accord du lac Meech.

En 1991, il est élu grand chef de l’Assemblée des chefs du Manitoba pour trois mandats consécutifs, ce qui ne s’était encore jamais vu.  En 1997, il est élu chef national de l’Assemblée des Premières Nations. Après un mandat comme chef national, il est nommé président de la Commission des revendications des Indiens. En 2003 et 2006, M. Fontaine est de nouveau élu chef national de l’Assemblée des Premières Nations pour deux autres mandats, devenant par le fait même la première personne à occuper ce poste pendant trois mandats.   Parmi ses nombreuses réalisations comme chef national ayant été le plus longtemps en poste, mentionnons la négociation de la Convention de règlement relative aux pensionnats indiens, laquelle a notamment accordé des compensations financières aux survivantes et survivants des pensionnats autochtones et mis sur pied la Commission de vérité et de réconciliation.

Depuis le 1er septembre 2009, Phil Fontaine est conseiller spécial auprès de la Banque Royale du Canada (BRC). Son mandat consiste à « fournir des conseils et des recommandations aux entreprises canadiennes de la BRC, afin de les aider à développer leurs relations avec les gouvernements, les communautés et les entreprises autochtones au Canada. »

Fontaine est le propriétaire et le conseiller principal d’un prospère cabinet-conseil, Ishkonigan Inc., qu’il a fondé en 2009 pour offrir des services de médiation et de consultation aux Autochtones et les aider dans leurs relations et négociations avec les gouvernements.

Il est membre de l’Ordre du Manitoba et a reçu le Prix national d’excellence décerné aux Autochtones, le prix Equitas pour l’éducation aux droits de la personne, le distingué Prix du leadership de l’Université d’Ottawa, la Médaille du jubilé de diamant de la Reine. Plus récemment, il a été nommé officier de l’Ordre du Canada. En outre, M. Fontaine est titulaire de 20 doctorats honorifiques décernés par des universités du Canada et des Étas-Unis.